Μουσείο  -βιβλιοθήκη-Σκευοφυλάκιο 

 Το σκευοφυλάκιο ξεκίνησε να δημιουργείται από τον Όσιο Χριστόδουλο. Στην είσοδό του υπάρχει αντίγραφο εικόνας της Αποκάλυψης του 1626. Στο σκευοφυλάκιο, φυλάσσεται ένα μεγάλο μέρος από τα κειμήλια της Μονής, όπως εικόνες ανεκτίμητης αξίας και μεταξύ αυτών η ψηφιδωτή εικόνα του Αγ. Νικολάου του 11ου αιώνα. Φυλάσσονται επίσης υφαντά και άμφια  χρυσοκέντητα, δωρεές πλουσίων Πατμίων. Ασημένια και χρυσά σκεύη, μοναδικά αριστουργήματα, με γνωστότερο από αυτά την μίτρα του Πατριάρχη Νεόφυτου του ΣΤ ' που είναι διακοσμημένη με πολύτιμα πετράδια και χρυσό.  Ένα άλλο μεγάλο κεφάλαιο της Μονής είναι η Βιβλιοθήκη της. Η Βιβλιοθήκη είναι η γραπτή ιστορία τόσο της Μονής όσο και του νησιού ολόκληρου. Μέσα στα έγγραφα της Βιβλιοθήκης υπάρχει και το ιδρυτικό χρυσόβουλο, όπου ο Αλέξιος ο Α' ο Κομνηνός παραχωρούσε το 1088 στον Όσιο Χριστόδουλο την Πάτμο. Είναι μια πλούσια πηγή πληροφοριών για τον μοναστικό βίο και τις συνθήκες που έθεταν οι εκάστοτε κατακτητές.(π.χ. φόρους, μορφές εμπορίου και διοίκησης).Στο παρεκκλήσι του Οσίου Χριστοδούλου δίπλα στο Καθολικό, σώζεται το σκήνωμα του Οσίου σε ειδικό εκθετήριο. Επίσης η κάρα του Αποστόλου Θωμά, τα λείψανα του Αγίου Στεφάνου, του Αγίου Ιακώβου του Πέρσου,

του Αγίου Παντελεήμονος και άλλων.  Αξίζει επίσης να αναφερθεί πως το πολύτιμο χειρόγραφο με τους διαλόγους του Πλάτωνα που διεσώθη  και βρισκόταν στην Ιερά Μονή Πάτμου εκλάπη γύρω στο 1800 και βρίσκεται σήμερα στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης. Είναι ο κώδικας αριθ. 39 της συλλογής Κλάρκ.

Σημαντικός είναι επίσης ο κώδικας αριθ. 67,  ο λεγόμενος και πορφυρούς, με αποσπάσματα από το Κατά Μάρκο Ευαγγέλιο από τον οποίο κώδικα, 33 φύλλα βρίσκονται στην Πάτμο, 182 στο Λένιγκραντ, 2 στη Βιέννη, 4 στο Βρετανικό Μουσειό, 6 στο Βατικανό και 1 στο Βυζαντινό Μουσείο Αθηνών.